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Il museo è stato realizzato nel secondo dopoguerra e contiene, per la maggior parte, reperti archeologici provenienti da sistematiche campagne di scavo, condotte dagli archeologi Luigi Bernabò Brea e Madeleine Cavalier, nel territorio delle isole Eolie.
È costituito da oltre 40 sale, ubicate in diversi edifici del complesso del Castello, e suddiviso in diverse sezioni:
Preistorica.
Sezione classica – dedicata ai materiali di età arcaica, classica, romana e bizantina. Sala dell’archeologia subaquea.
Epigrafica – cippi e stele funerarie della necropoli greco-romana di Lipari
Delle Isole minori – reperti preistorici delle isole minori (Punta Milazzese a Panarea, Capo Graziano a Filicudi)
Vulcanologica – geomorfologia e vulcanismo delle Eolie.
Paleontologica – del quaternario
nelle quali sono esposti strutture architettoniche, esempi di scultura in marmo e pietra, corredi funerari, vasi, cippi, steli tombali e sarcofagi in pietra che testimoniano la vita della polis e l’evoluzione del culto dei defunti. Inoltre ceramiche di tipi e fogge varie, maschere teatrali e statue fittili.
Esistono poi due sezioni staccate del museo ubicate sulle isole di Panarea e Filicudi e molti materiali sono esposti nell’Antiquario Civico di Salina.
I materiali, datati dalla preistoria ai nostri giorni in lingua italiana e inglese, che rende fruibile la conoscenza dello stesso contestualizzata al luogo del ritrovamento.