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L’Orto Siculo, benché non presenti specifiche collezioni di famiglie o generi particolari, ospita numerose piante spontanee della flora sicula, insieme a quelle che più comunemente sono state introdotte in coltivazione nel territorio.
La collezione di piante siciliane venne iniziata nel 1865, pochi anni dopo la fondazione, quando la superficie dell’Orto Botanico fu ampliata grazie alla donazione di M. Coltraro.
L’Orto Siculo è oggi organizzato in strette aiuole rettangolari parallele dove le piante, spesso erbacee, dovrebbero essere raggruppate per famiglie. Tuttavia, il notevole sviluppo attualmente raggiunto da diversi esemplari arborei o arbustivi impedisce, a causa dell’ombreggiamento, la completa realizzazione di questo schema su buona parte della superficie.
Molte delle specie della flora siciliana di maggiore interesse sono erbacee, perenni o annuali; esse richiedono cure e assistenza continua. Un solo anno di incuria può portare alla scomparsa di molte piante che facilmente vengono sopraffatte dalle più vigorose specie nitrofile e ruderali.
Fra le specie arboree di notevoli dimensioni citiamo il leccio (Quercus ilex), il carrubo (Ceratonia siliqua), l’olmo (Ulmus canescens), il pioppo bianco (Populus alba) e il pino domestico (Pinus pinea).
Altre specie interessanti sono Celtis aetnensis, il bagolaro endemico dell’Etna, Salix gussonei, endemico dei corsi d’acqua della Sicilia nord-orientale, e Fontanesia phillyraeoides, un’Oleacea a distribuzione mediterraneo-orientale, rara in Sicilia. Si coltiva anche un giovane esemplare di Abies nebrodensis, rarissimo endemita delle Madonie.
Vi sono poi diverse specie arbustive tipiche della macchia mediterranea, quali Pistacia lentiscus (lentisco), Myrtus communis (mirto), Erica multiflora, Phillyrea angustifolia e alcuni cisti, tipici delle garighe, quali Cistus creticus, C. monspeliensis, C. salvifolius e C. clusii.
Fra le specie erbacee sono coltivate alcune Composite endemiche siciliane, che in natura vivono circoscritte in stazioni puntiformi, quali Centaurea tauromenitana, Senecio ambiguus, S. gibbosus e Paleocyanus crassifolius, endemico di Malta.
Interessante è anche una raccolta di varie specie di Brassica, molte delle quali endemiche della Sicilia.